Cho đến nay GS.TS Bùi Đức Phú đã đạt nhiều thành tựu và khen thưởng như:

• Ông lần lượt đạt danh hiệu Thầy thuốc ưu tú, Chiến sĩ thi đua toàn quốc và Thầy thuốc nhân dân lần lượt vào các năm 2001, 2005 và 2008 [9].
• Đã có ba lần ông vinh dự được nhận Huân chương Lao động [9]: Huân chương Lao động hạng Ba năm 2007, Huân chương Lao động hạng Nhì năm 2009 và Huân chương Lao động hạng Nhất năm 2014.
• Năm 2013 ông được nhận danh hiệu Anh hùng Lao động thời kỳ đổi mới[10].
• Giải thưởng Nhân tài đất Việt năm 2011 lĩnh vực Y tế: Trưởng kíp phẫu thuật ca ghép tim trên người lấy từ người cho chết não tại Bệnh viện trung ương Huế, lần đầu tiên do các thầy thuốc Việt Nam thực hiện.[11]
• Ủy ban kết nghĩa San Francisco - Thành phố Hồ Chí Minh cũng đặc biệt trao GS.TS Bùi Đức Phú giải thưởng Global Award in Medicine 2013 và 2015 [12].
• Tháng 10 năm 2017, Tổ chức Kỷ lục Việt Nam đã vinh danh GS.TS. AHLĐ Bùi Đức Phú với hai Kỷ lục Việt Nam gồm Ca cấy tim nhân tạo đầu bán phần Heartware đầu tiên tại Việt Nam và Ca ghép tim đầu tiên do người Việt Nam thực hiện [13].